Ülkenin denizden gelecek tehditlere karşı savunulması ile deniz alaka ve menfaatlerinin korunması ve kollanmasıdır. Bu genel çerçevede;

Barış döneminde;

• Ulusal çıkarların gerektirdiği denizlerde sancak ve varlık göstermek,
• Gerektiğinde barışı desteklemek, insani yardım ve arama-kurtarma harekatına katılmak,
• Terörizm, uyuşturucu madde ve diğer kaçakçılık faaliyetlerine karşı yapılan harekatta güvenlik güçleri, müttefik kuvvetler ve gerektiğinde hükümet dışı organizasyonlar ile işbirliğinde bulunmak,
• Münhasır ekonomik bölge içerisinde ulusal çıkarların ve deniz çevresinin korunmasında Sahil Güvenlik Komutanlığı ile işbirliği yapmak,

Kriz döneminde ve savaşta, yukardaki görevlere ilave olarak;

1.  Stratejik caydırıcılık sağlamak,
2.  Krizlerde uygulanacak askeri tedbirleri almak,
3.  Deniz kontrolünü sağlamak,
4.  İttifak ve gerektiğinde koalisyon harekatına katılmaktır.

Bu görevi başarabilmek için Türk Deniz Kuvvetleri dört Ana Ast Komutanlık ile organize edilmiştir. Bunlar;

•  Donanma Komutanlığı
•  Kuzey Deniz Saha Komutanlığı
•  Güney Deniz Saha Komutanlığı
•  Deniz Eğitim ve Öğretim Komutanlığıdır.